Gioan sinh ngày 8 tháng 3 năm 1495 tại Bồ Đào Nha. Cha mẹ Ngài là những người nghèo khổ nhưng đạo đức và đầy lòng bác ái. Lúc 9 tuổi Ngài bỏ nhà trốn đi, theo một nhà mạo hiểm đã khéo kích thích trí tưởng tượng của tuổi thơ. Mẹ Ngài đã qua đời sau ba tuần đau khổ vì không biết số phận của con trẻ ra sao. Còn cậu bé bi bỏ rơi, thiếu thốn mọi sự nên đành ở đợ nuôi thân. Ngài giúp việc cho một nhà tiểu nông, hàng ngày lo đi chăn chiên, cho đến khoảng 20 tuổi. Chán với cuộc sống đều đều, Ngài đăng lính đi chiến đấu ở Phontarabia. Thật bất hạnh khi kiếp sống suy đồi của các bạn đồng ngũ đã lôi kéo Ngài tới chỗ mất cả lòng kính sợ Chúa. Nhưng Chúa đã không bỏ rơi kẻ Ngài đã chọn. Ngày kia, khi đem thức ăn cho súc vật. Gioan bị té ngựa và bị trọng thương không còn cử động và nói năng gì được nữa. Nhận biết được mối nguy đang đe dọa thân xác tâm hồn, thánh nhân khấn cầu Đức Trinh Nữ và hứa sẽ sửa mình. Nhưng khi vừa hết bệnh, Ngài lại trở về đường cũ.