Thánh Phanxicô Xaviê sinh năm 1506 tại lâu đài Xaviê trong một gia đình quyền quý của Vương quốc Navarre nhỏ bé miền Bắc nước Tây ban Nha ngày nay. Khi Ngài 5 tuổi, nước Tây ban Nha thôn tính và sát nhập Navarre khiến gia đình Ngài lâm cảnh nước mất nhà tan. Muốn tiến thân bằng con đường trí thức, năm 17 tuổi Ngài đến Paris học (1525-1536).